Pendant que Walter Bishop terrorise des enfants au Boston's Children Science Center (Centre des sciences pour enfants, à Boston) et se fait retirer de ce fait sa carte d'accès, un homme entre dans un immeuble à bureaux et meurt en vaporisant de fines gouttelettes de sang dans l'air. Olivia et Peter arrivent sur les lieux, et lorsqu'un début de contagion se présente, Walter conseille la mise en quarantaine de l'immeuble, malgré la présence de Olivia et de son fils, toujours dans l'immeuble. Le virus semble se comporter comme un être doué de raison et luttant pour sa survie par une propagation ciblée, et une modélisation mathématique du CDC appelé en renfort(Center for Disease Control - Centre de Prévention des Infections) promet une éradication complète de la race humaine en un peu plus de deux semaines. D'où vient le virus, comment l'homme qui meurt au début a t-il eu accès à celui-ci, et Walter arrivera t-il à trouver une solution ?